Η Πρέσπα, ιστορικά ανήκε στο έθνος των Ορεστών οι οποίοι θεωρούνταν ότι ήταν Μολοσσικής καταγωγής και συνδεόντουσαν με ηπειρωτικά φύλλα. Σύμφωνα με τον μύθο, ο Αντίοχος υπήρξε ο πρώτος γνωστός βασιλιάς του έθνους, ενώ υπήρξαν οι βασιλιάδες Κάρανος και ο Κοίνος. Στην περιοχή ανάμεσα στην Κορυτσά και τη Μικρή Πρέσπα, στη βόρεια Ορεστίδα, τοποθετείται το Πήλιον, που έγινε γνωστό από την διαδρομή του Μεγάλου Αλεξάνδρου. Στο νησί του Αγίου Αχίλλειου στη Μικρή Πρέσπα, έχουν βρεθεί επιγραφές που μαρτυρούν το όνομα της Ορεστικής πόλης Λύκης (ή Λύκα) η οποία φαίνεται να εκτείνοταν σε νησίδα που ένωνε το νησί με την χέρσο. Σύμφωνα με ιστορικές αναφορές, τα επιγραφικά ευρήματα ανέρχονται σε πενήντα.[1] Σήμερα το μεγαλύτερο τμήμα της πόλης βρίσκεται κάτω από τα νερά της λίμνης. Ο χώρος της αρχαίας Λύκης είναι επισκέψιμος αν και είναι απαραίτητες και άλλες εργασίες ώστε να καταστεί κατάλληλα διαμορφωμένος αρχαιολογικός χώρος.
Η ευρύτερη περιοχή της Φλώρινας ήταν ένα αυτόνομο κρατίδιο που κατοικούσαν ελληνικά φύλα των μακεδόνων, δωρικής καταγωγής. Επί βασιλείας Φιλίππου Β’ ενσωματώθηκε στο βασίλειο της Μακεδονίας. Την εποχή του Τρωικού πολέμου, στην περιοχή κατοικούσε ο λαός με το όνομα Βρύγες ή αλλιώς Φρύγες, οι οποίοι συμμετείχαν στον πόλεμο με το πλευρό των Τρώων. Εξ αιτίας αυτού του λαού, οι λίμνες των Πρεσπών, ονομάζονταν μικρή και μεγάλη Βρυγηίς. Αποδεικνύοντας όλα αυτά, υπάρχει ένας αρχαίος οικισμός που κατοικούταν από τον 16ο έως τον 6ο αιώνα π.Χ. και από τον 4ο μέχρι και τον 1ο αιώνα π.Χ. όπου καταστράφηκε από πυρκαγιά, μάλλον ως αποτέλεσμα εχθρικής εισβολής. Σημαντικό είναι το εύρημα της χάλκινης μακεδονικής ασπίδας με την επιγραφή ‘Βασιλέως Αντίγονου’, κατάλοιπο και μαρτυρία της μάχης του 294 π.χ., μεταξύ του βασιλιά της Ηπείρου, του Πύρρου, και του μακεδόνα βασιλιά Αντιγόνου.
Η πόλη της Φλώρινας χτίστηκε επί εποχής βυζαντίου και ονομαζόταν Χλωρό, λόγω του κλίματος και της βλάστησης που είχε από τότε. Στην λεκάνη των Πρεσπών έχει διατηρηθεί σημαντικός αριθμός βυζαντινών και μεταβυζαντινών μνημείων ενώ στο υπόλοιπο τμήμα του νομού δεν σώζονται άλλα αξιόλογα μνημεία του βυζαντινού πολιτισμού. Το γεγονός αυτό, οφείλεται στις καταστροφές που υπέστησαν τα αστικά κέντρα εκείνη την εποχή. Τον 6ο αιώνα μ.Χ. η Πρέσπα ανήκει στη διοικητική διαίρεση Μακεδονία Β', υπαρχία Ιλλυρικού.
Στους μέσους βυζαντινούς χρόνους (8ος-11oς αι.), ο Σαμουήλ αυτοανακηρύχθηκε τσάρος των Βουλγάρων και εγκατέστησε στις Πρέσπες την πρώτη πρωτεύουσα του κράτους του και την έδρα του σχισματικού Πατριαρχείου. Ως χώρο ανέγερσης των ανακτόρων του ο Σαμουήλ επέλεξε τη σημερινή νησίδα του Αγίου Αχίλλειου, η οποία την εποχή αυτή ήταν ακόμη χερσόνησος που συνδεόταν με τη βόρεια όχθη της Μικρής Πρέσπας. Σήμερα, στον ρηχό βυθό της λίμνης διακρίνεται ο μεσαιωνικός πλακόστρωτος δρόμος, ενώ ενίοτε προβάλλει στην επιφάνεια των νερών ο πύργος της πύλης από το κάστρο, το οποίο περιέβαλε την πρώην χερσόνησο.
Μετά το 1259, η Πρέσπα περιλαμβάνεται στην αυτοκρατορία της Νίκαιας όπου την εξουσία είχε ο Αυτοκράτορας Ιωάννης Βατατζής. Από το 1267 έως 1281, η Πρέσπα περιλαμβάνεται στη Βυζαντινή Αυτοκρατορία του Μιχαήλ Η' Παλαιολόγου.
Μεγάλη επιρροή στην περιοχή άσκησε για την περίοδο 1331-1355 και ο κατακτητής Σέρβος Στέφανος Ντούσαν όπου εγκατέστησε τον Σφραντζή Παλαιολόγο ως διοικητή του φρουρίου της Φλώρινας. Επιγραφή του 1409-1410 στον ναό της Παναγίας Ελεούσας, στη Μεγάλη Πρέσπα, μνημονεύει ετεροχρονισμένα τον Σέρβο άρχοντα ως αυθέντη της περιοχής, γεγονός που σημαίνει ότι ακόμη και στις αρχές του 15ου αιώνα, μέλη της οικογένειας του Βουκάσιν εξακολουθούσαν να ασκούν κάποια εξουσία στην περιοχή των Πρεσπών. Στους υστεροβυζαντινούς χρόνους ( 12ος-14ος αι.), σε χρυσόβουλο του Αλεξίου Γ', 1198, εμφαίνεται ότι η περιοχή των Πρεσπών αποτελούσε ιδιαίτερο θέμα, γεγονός που υπογραμμίζει τη σπουδαιότητα αυτού του χώρου για τα βυζαντινά ενδιαφέροντα. Το 1246, ο αυτοκράτορας της Νικαίας Ιωάννης Γ' Βατατζής απελευθέρωσε όλη τη Μακεδονία από την Βουλγαρική κατοχή. Το 1385 η πόλη έπεσε στα χέρια των Τούρκων. Επί Τουρκοκρατίας, η Φλώρινα ήταν τοπικό εμπορικό και βιοτεχνικό κέντρο και κατά την ελληνική επανάσταση, δέχτηκε εκδικητικές κινήσεις των Τούρκων, οι οποίοι μάζεψαν στη πλατεία της πόλης όλους τους Πρόκριτους και τους εκτέλεσαν. Κατά τον Μακεδονικό Αγώνα, μας έδωσε σπουδαίες φυσιογνωμίες, όπως τον Παύλο Μελά, Νικόλαο Πύρζα, τον Πέτρο Χατζητάση και τον Ξενοφών Πούσκα. Στο χωριό Κώττας, δίπλα στη Φλώρινα, βρίσκεται το σπίτι του Καπετάν Κώττα, μεγάλου ήρωα του Μακεδονικού Αγώνα.
Η πόλη γνώρισε τα δεινά του πολέμου και των αψιμαχιών μεταξύ Βουλγάρων Τούρκων και Ελλήνων, για την κυριαρχία στη περιοχή. Ωστόσο, το 1884 οι κάτοικοι της περιοχής δήλωσαν περίτρανα την «ελληνική συνείδησή τους» ενώ το 1894 – 95, στον καζά Πρεσπών και Αχριδών υπήρξαν ελληνικά σχολεία. Το 1902, στον ευρύτερο χώρο της Δ.Μακεδονίας, οργανώθηκε η ελληνική αντίσταση με αναφερόμενα μέλη από τα χωριά της Πρέσπας: Στέργιος Δούκας στη Σφήκα, Μποζίνης στην Οξυά, ο Χρήστος Παπαδόπουλος στις Καρυές, ο Ευάγγελος (Παπαδόπουλος;) στον Άγιο Γερμανό, ο Νικόλαος Καρούλιας στην Καλλιθέα. Το 1903 οι κάτοικοι του Λαιμού γνώρισαν τα δεινά των Τούρκων ενώ πολλοί νέοι αυτή την περίοδο στρατολογούνταν βίαια από τους Βούλγαρους. Ο τοπικός πληθυσμός αγωνίστηκε για την διαφύλαξη της εθνικής τους υπόστασης.
Ο αραιός πληθυσμός και η συνακόλουθη έλλειψη διοικητικών, εκκλησιαστικών και οικονομικών κέντρων περιόρισαν εξ ορισμού και την παραγωγή ιστορικών πηγών. Αλλά και αντίστροφα, μερικές εκατοντάδες κάτοικοι της περιοχής έφυγαν προς βορρά. Συνολικά, 576 άτομα εγκατέλειψαν τον νομό Φλώρινας την περίοδο 1912-1918, δηλαδή το 2% επί του συνολικού πληθυσμού του νομού.
Η περιοχή απελευθερώθηκε στις 7 Νοεμβρίου το 1912 με τους Βαλκανικούς Πολέμους όπου με την Συνθήκη του Βουκουρεστίου εμπεριήλθε στο Ελληνικό κράτος. Το 1919 με την Συνθήκη του Νεϊγύ επικυρώθηκε ξανά το περιεχόμενο της Συνθήκης του Βουκουρεστίου. Το 22’ έως το 24’ Πόντιοι πρόσφυγες εγκαταστάθηκαν στα χωριά Λευκώνας, Λαιμός, Πύλη, Άγιος Γερμανός και στην ευρύτερη περιοχή. Στην διάρκεια του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου, η Πρέσπα γνώρισε την ιταλική κατοχή. Κατά τον εμφύλιο υπήρξε βάση των κομμουνιστικών δυνάμεων και κοντά στους τόπους όπου δόθηκαν οι σημαντικές μάχες Γράμμου και Βίτσιου. Τα χρόνια που ακολούθησαν, Βλάχοι από την Μακεδονία, την Ήπειρο και την Θεσσαλία εγκαταστάθηκαν σε διάφορα χωριά της περιοχής (Άγιος Γερμανός, Βροντερό, Πύλη, Καλλιθέα).
[1] Σβέρκος, Η. (2010)